می تونید از این کامند استفاده کنید
کد:
Runtime.getRuntime().exec("cmd /c start ...");
توی ... مسیر فایل bat. خودتون رو بزارید
یه راه دیگه ش هم استفاده از Ant هست مثلا :
کد:
<?xml version="1.0"?>
<project name="RunBAT" basedir="." default="runBAT">
<target name="runBat">
<exec executable="run.bat"/>
</target>
</project>